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SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

small RNA测序

产品简介

Small RNA是一类长度在18-30nt范围的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。

研究内容

1) 测序质量值分布统计;

2) 测序碱基质量控制;

3) 测序数据产出统计;

4) 样品间公共及特有序列分析(两个或两个样品以上);

5) 与参考序列进行比对;

6) 与相关生物数据库(miRBASE、RepBASE、Rfam、SILVA、ncRNAs等)及参考基因组比对,分类注释Small RNA;

7) miRNA鉴定:已知miRNA鉴定;

8) miRNA长度分布分析;

9) miRNA基因组分布分析(针对有ref物种);

10) 预测新miRNA及二级结构模式图绘制;

11) miRNA碱基偏好性分析;

12) miRNA碱基编辑分析;

13) miRNA家族分析;

14) miRNA定量分析;

15) miRNA差异表达分析:重复相关性检测;差异表达筛选;差异表达miRNA统计;

16) 差异表达miRNA筛选;

17) 差异表达miRNA聚类分析;

18) miRNA靶基因预测;

19) 差异表达miRNA靶基因注释;

20) 差异表达miRNA靶基因的GO分类;

21) 差异miRNA靶基因GO富集层次分析;

22) 差异miRNA靶基因的COG注释;

23) 差异miRNA靶基因KEGG注释;

24) 差异miRNA靶基因KEGG通路富集分析。

结果展示

送样建议

1) 样品类型:总RNA;
2) 样品浓度:≥50ng/µg;
3) RNA总量:≥3µg;
4) RNA纯度:OD260/280:1.8-2.0;OD260/230≥1.8,260处有正常峰值;
5) RNA完整度:电泳检测28s/18s≥1.5或RIN≥7.5(动物)、7(植物、真菌),基线平整(软体等无28S物种)。


010-80543251

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